Certaines modifications ont été apportées au support des bases de données (MySQL et SQLite).
PHP 5 n'intègre pas les bibliothèques clientes MySQL par défaut, pour des raisons de licence et des problèmes de maintenance. MySQL est supporté mais il n'est plus activé par defaut dans PHP5. Cela signifie que PHP n'inclue pas l'option --with-mysql dans la ligne de commande configure de sorte que vour devez le spécifier manuellement lors de la compilation de PHP. Les utilisateurs de Windows devront éditer le fichier php.ini et activer manuellement la DLL php_mysql.dll. Dans PHP 4 aucune DLL n'existant il était simplement intégré dans le binaire Windows.
Il existe également une nouvelle extension, MySQLi (Improved MySQL), créée pour fonctionner avec MySQL 4.1 et supérieur.
À partir de PHP 5, l'extension SQLite est intégrée à PHP. SQLite est un moteur de bases de données embarqué, il ne s'agit pas simplement d'une bibliothèque cliente permettant de se connecter à un serveur de bases de données (comme MySQL ou PostgreSQL). La bibliothèque SQLite lit et écrit ses bases de données directement dans des fichiers sur le disque.